于较大的岛刚会分别在岛的几个方向之上进行搜索。
搜索的手段一如岳效飞所想的那样，在每一个小岛之上。白天会组成搜索小队，在每一个可能登岸的地方进行搜索。夜间则会使用以及照明弹及孔明灯等等手段示意，如果在风平浪的时候，甚至会派出飞艇在夜间升穿，并使用按照灯向丛林之中照射。
基本一个不能直接使用人力进行完整搜索的小岛之上，都会使用各种可能的手段发出信号。至于孔明灯，在巴达维亚已经有人开始成批制作，供“明月号”使用。
在这支“清剿舰队”搜索的途中，他们也曾遭遇到过一些堪称巨大的海浪，几乎造成损失。
好在这些船上无论船员还是舰长，都受过较为系统的的远航教育，当然教材往往出自于那些海盗，或者出自于诸如霍里曼或者夏洛甫之手。
而且这些船上都有相当不错的动力系统，而且与“明月号”及“海豚级”这样的M形船相比，居然抗风浪能力最差的是“鲸级两栖攻击舰”。
最初组成的清剿舰队，先后有三艘两栖攻击舰的船体受损及蒸汽机故障，迫使他们离开了清剿舰队返回到勿里洞岛。
那儿的海军基地已经在充分的物资保障之下，建立起来。而黄克辉知道清剿舰队的情况之后，立即再度派遣一艘“火凤级巡洋舰”及三艘“鲸级两栖攻击舰”加入到清剿舰队的行列之中。
而这支舰队在搜索与清剿同时进行的过程当中，不但剿掉了数股有相当数量的海盗，而且有些对于他们极不友好的小部落也一同剿灭。当然，神州军不是救世军，残酷的屠杀是不搞的，所以这些人大多整体被移到正在建设热潮之中的勿里洞岛上去劳动改造。
搜索日复一日，月复一月的进行着，同时南洋集群的近卫系统，对于抓来的部分土人及海盗也分别使用了“绝对寂寞”来进行调查。
然而，慕容楚楚的音讯却一直没有办法得到。在逐岛搜索过程之中，偶尔，他们也会为了一座不知由谁搭建的小屋而感觉到希望。可是往往到近处一看，不是土人的窝棚就是一些早年落难的西洋船员的遗迹。
一次次希望如同肥皂泡一般的破灭，好在这支舰队的任务，并非单纯搜索慕容楚楚的行踪那么简单，偶尔也会被他们截住一艘想要设法偷运香料的船，而小小的发上一笔横财。
南洋的搜索行动一直持续到三个月后的某一天，清剿舰队从三宝颜一路清剿过来，一直到达了安汶岛附近。而且自三宝颜以南的小岛何止数千，一个
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