汤玛斯·安德森，世界著名软件公司程式工程师，前程似锦的有为青年。不过这只是表面，实际上，他还是一名使用代号为尼奥的顶尖黑客。几乎犯下所有与电脑有关的犯罪。是一个典型的用两种身份活着的人。
通过黑客的手段，崔妮蒂成功的黑进了对方的电脑，引起了对方的兴趣，并有了现实的接触。当然了，不是崔妮蒂闲得无聊，而是墨菲斯确认对方是一名潜在的觉醒者。不过仅仅是如此吗？斯巴克看来未必。否则的话，自己又怎么会被安排到这该死的矩阵世界中，隐姓埋名的同时还要暗中保护尼奥。
这可是从来没有过的事情。更何况，墨菲斯在尼布甲尼撒号上当众安排的任务可不是这样的。一个隐瞒众人的阴阳任务由不得斯巴克不小心谨慎。
通过一段时日的暗中观察，斯巴克并未察觉尼奥身边有异常的情况。而当其将这一情况告知墨菲斯的时候，他依旧嘱咐斯巴克务必保证尼奥的安全。斯巴克意识到，或许尼奥就是那个人。
兔子的尾巴长不了，对方终于漏出了马脚。在尼奥工作期间，一组人员秘密的潜进其住宅，估计不是安装监控，便是搜寻物品吧。同时，斯巴克经过试探之后，亦发现尼奥的电话被监听了。发现情况不对，斯巴克第一时间联系了墨菲斯。可惜，墨菲斯的行动晚了半步，尼奥在众人眼皮子底下被捕了。
“斯巴克，先撤回来。”
舰长室里，气氛格外的压抑。
墨菲斯首先打破了这份沉默，开口道：“虽然不想承认，但就目前的状况来看，十有八九印证了你的想法。你知道我为什么会安排你进行这个任务吗？”
斯巴克摇了摇头。
“那好，我来告诉你。因为时间！”
“我不明白。”
“说起来可笑，就是因为你来的时间最短，我才将这一任务交给了你。我说过，有相当一部分有能力觉醒的人，并不愿意醒来。因为他们习惯了在自己擅长的领域实现自我价值，他们害怕未知，进而拒绝黑暗。
每一位觉醒者都是拥有莫大的勇气与意志坚强之辈。我将每一位在尼布甲尼撒号觉醒的人都视为家人，信任着他们。
但是在黑暗中前行并不是一件容易的事情，在黑暗中迷失、掉队、脱逃者也是有的。只是没想到这一次会发生在我的船上。
而你曾通过了层层考验，又是我们之中接触黑暗最短的人，我相信你还没有被黎明前的黑暗所腐蚀，所蒙蔽！当然了，事关重大，我不得不过
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