旨总督中原五省军务，历史上的崇祯皇帝最开始对他非常信任，委任以‘专办流贼’。
陈奇瑜起初也是不负厚望，先办湖北，连奏大捷，再剿陕西，声名大噪。
流贼连败，被迫溃逃至四川，当时洪承畴正总督三边，同样是连奏捷报，他和陈奇瑜心照不宣，共同将流贼逼往土地贫瘠的四川境内。
陈奇瑜不会放过任何机会，见流贼已溃入四川，当即传檄中原各省，严令官军协同进剿，意欲将流寇在四川彻底斩杀干净。
官军四面会集，尚存较大的流贼都被陈奇瑜和洪承畴撵到陕西，眼看着就要被全面剿灭，可就在这种紧要关头历史却再次重演，建奴忽然寇边，在京畿一带大肆抢掠。
历史上的崇祯皇帝惊慌失措，决定洪承畴前往京师一带勤王，协剿四川的兵力顿时在北面出现真空，然而陈奇瑜不愿放弃天赐良机，传檄众将，强行与流贼决战。
见陈奇瑜来势汹汹，李自成和张献忠久败于其手，都是心中惊慌且惧怕至极，居然仓皇的逃进兴安车厢峡里去了。
对于陈奇瑜来说，这可是天赐良机，因为当时尚存的流贼大头目都被困在里边，并且由于连败，流贼胁裹的难民早已溃散殆尽，几乎只剩下三万多老营兵。
车厢峡四面山石陡峭，中间长达四十里，易进难出。
贼兵误入其中，当时山上也住着不少百姓，他们见陈奇瑜率领各省官军来剿贼，都是奋勇配合，流贼大军经过的时候就在山上扔石头、扔火把。
陈奇瑜迅速令人在山口垒起石寨，驻军严防，切断流贼的进出通路，坐视糜烂中原的流贼在自己手上被清剿一空。
当时正是大雨倾盆，连下二十天大雨，流贼兵器都丢的差不多，而且马没有草吃，没多久便饿死了不少人，就连老营兵都是毫无战心，可以说是败局已定。
这个时候只要官军进逼上去，可以轻而易举的将流贼一举歼灭。
不过历史上陈奇瑜显然没有这么做，他没有让跃跃欲试的官军进入车厢峡围剿，却只是在外继续围困，坐观成败。
这个时候，虽然陈奇瑜对流贼取得了重大胜利，但黄台吉二次亲征察哈尔，建奴四出，苦掠宣、大，引起京畿轰动。
在这种情况下，历史上的崇祯皇帝显然没有耐心去等陈奇瑜。
在朝廷不断的催逼，还有周围将领的唆使之下，陈奇瑜犯下了此生唯一，也是最大的一个错误，接受李自成、张献忠的投降，收编了三万多老营贼兵。
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