此时，在南方还有许多更始政权中的大将没有投降，其中包括郾王尹尊。刘秀帝召集诸将商议，并问谁敢前往。贾复慨然回答说：“臣请命攻击尹尊。”刘秀笑道：“执金吾去攻郾王，我还有什么忧虑呢！大司马应去攻宛。”于是派遣贾复与骑都尉阴识、骁骑将军刘植攻打尹尊。不久，尹尊投降。贾复又率兵东打淮阳太守暴汜，暴汜投降。同年秋，贾复又平定召陵、新息。
27年（建武三年），贾复迁左将军。同年，贾复在新城、渑池连破赤眉军，与刘秀在宜阳会师，迫使赤眉投降。
贾复在征伐中，多次在溃围中解救危急，身上受伤达十二处。刘秀因此很少令他远征，常让他跟随自己，所以贾复缺少独当一面的功勋。诸将每次论功，贾复都默然不语。刘秀便道：“贾君的功劳，我自己知道。”
37年（建武十三年），贾复定封为胶东侯，食邑郁秩、壮武、下密、即墨、梃、观阳六县。
贾复知道刘秀想偃息干戈，修理文德，不想让功臣拥有兵权，就与高密侯邓禹辞去兵权，研究儒学。刘秀得知，罢掉左右将军，将贾复免职，只保留列侯的身份，不久又加特进。
后来，朱祐等人荐举贾复担任宰相，刘秀虽因“功臣并不用”的政策未加许可，但仍允贾复、邓禹和李通三人参与国家大政。
55年（建武三十一年），贾复逝世，谥号刚侯。
60年（永平三年），汉明帝命人绘二十八功臣像，挂于南宫云台，其中就有“左将军胶东侯贾复”……
关于“将相和”的故事，一般人印象最深的大概是廉颇和蔺相如。不过，除了他们俩，在历史上其实还有范例。
那便是记载于《后汉书·寇恂传》中，东汉初年刘秀的两个功臣──寇恂与贾复之间的故事。
寇恂在东汉时期，相当于类似萧何的“相国”地位，是位颇有领导才能的名吏，善于治理政务，很受刘秀的器重。
在他任颖川太守时，为严明军纪，曾将大将贾复手下的一个部将处死。
而屡立军功的贾复，知道以后，极为震怒，认为寇恂故意与他为难，愤怒表示：要与寇恂势不两立。
为了避免冲突，寇恂决定不与贾复见面。并且对贾复的部下，格外优待。处处忍让服低，不使矛盾激化。为了求得和解，煞费苦心。
这时，刘秀忙于重建汉室，统一中国，正需要这两位将相共同协力，成就帝业。为此，他亲自出面，设宴调解。对贾复晓以大义，要他
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