永禄三年，九月十五日。在近卫前久的进言和斡旋之下，朝廷正式通过了足利义荣的将军宣下，同时足利义荣叙任从五位下左马头一职，成为了室町幕府的第十四代将军，于是就任征夷大将军，并被赐予禁色（指不经敕许，不得穿用的颜色，包括青、赤、黄丹、深紫、深苏枋、深绯、桅子七色），及允许升殿（六位以上的官员才允许上殿，称为殿上人）。
在足利义荣就任征夷大将军之后，虽然又有小笠原稙盛、小笠原秀清等一些原足利义辉麾下奉公众、奉行众出仕足利义荣。但是大部分原先出仕足利义辉的近臣、小姓、奉公众、奉行众、足轻大将众等幕臣投奔至越前出仕足利义秋，没能得到在京幕臣的全体支持，造成了他再建幕府机构的不安态势。
不过，就在足利义荣顺利继任征夷大将军后，三好三人众和松永久秀之间关于权力、领地等分割的明争暗斗却依旧没有停止。三好三人众为了完全撇干净杀害前任征夷大将军的嫌疑，迅速向幕府、朝廷申请一道讨伐朝敌的纶旨和讨伐令，把松永久秀、松永久通父子二人指认为‘永禄大逆’中的罪魁祸首，不管是策划出兵上洛、攻打二条御所、杀害前任征夷大将军足利义辉、意图挟持三好家家督三好义继和新任征夷大将军足利义荣号令天下等事情全是他们的干出来的，跟三好家、三好三人众一点关系都没有。
三好三人众表明自己和家督三好义继、新任征夷大将军足利义荣自始至终都被蒙在鼓里，完全不知情。总之，三好家上上下下全都是干干净净的‘幕府忠臣’、‘朝廷忠臣’，但坏就坏在了松永久秀、松永久通这父子二人的手上。就连三好义兴、三好长庆、安宅冬康、十河一存等三好家重要人物之死全是松永久秀、松永久通父子二人策划和实施的。简而言之，三好家由盛转衰也全是松永久秀、松永久通父子二人的错。
从古至今，栽赃陷害张口就来，从来都是不计成本的，欲加之罪何患无辞？三好三人众的总体方向就是要朝着松永久秀、松永久通父子二人怎么坏就怎么来、怎么恶毒怎么来。还说松永久秀这样做就是为了能够有朝一日能够位极人臣，爬上幕府管领的位置。
而足利义荣自身亦因为背上有肿物，所以在就任征夷大将军之后，也没有入京。与此同时，滞留在越前守护朝仓义景处的足利义秋得知足利义荣已经叙任从五位下左马头和继任征夷大将军后对朝仓义景失去了信心，随后便在越前举行了元服礼，由越前守护朝仓义景亲自担任足利义秋的加冠役。足利义秋觉得由于自己名字里的“
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