部，又有斯波、稗贯、和贺和远野四郡，而且这几郡的支配者大部分是从镰仓时代以来的地头发展而来。前面已经提到，斯波郡由奥州探题大崎氏的同族·被尊称为“斯波御所”的斯波氏支配；稗贯郡和和贺郡则由分别以本郡名字为苗字的稗贯氏和和贺氏支配，二者皆出自于中条氏；远野郡由出自于藤原秀乡流的阿曾沼氏支配。
这些以南部氏为代表的北奥诸领主们称自领为“当郡”，对方的领地称“贵郡”、“御郡”或“他郡”。而领内分支领的支配者称“郡主”，相当于保持一定独立性的小领主。其中斯波、稗贯、和贺、远野四郡的郡主们在十六世纪前期通过联姻的方式结成了一揆性质的领主联合，稗贯氏还获得了室町幕府足利义稙、义晴、义辉三任将军的偏讳；斯波氏作为奥州探题大崎氏的一族，协助强化了室町幕府——奥州探题大崎氏这一室町时代的支配秩序。
在南部信时之后，因三户氏的当主·南部信时的嫡子信义早夭，年幼的南部政康继承了当主之位，而在北门地区田子城隐居的南部信时则再度出山成了嫡孙政康的后见人，助其维持领国的安定。文龟三年，南部信时殁；永正四年，南部政康也去世，其长子南部安信继承三户氏的当主之位。大永五年，包括糠部郡在内的三户氏所有领地被称为“奥州南部殿御知行”，进一步强化了三户氏作为南部一族总领家的主导地位。
但进入到天文年间，在南部信时时期所建立的通过城代及“众”进行领地支配的体制日趋动摇。天文八年六月，三户氏的居城圣寿寺馆被对主君怀有怨恨的家臣赤沼备中纵火烧毁（据《祐清私记》所载，赤沼备中对主君南部晴政将其妻女带入城中一事不满，同时因知行问题与家老奥濑安芸守有矛盾，所以赤沼备中纵火焚城并杀死奥濑安芸守，后在逃亡过程中被下斗米将家所追斩），造成了三户氏家中的不安定；次月，南部安信的嫡子南部安政随奥州探题大崎义直所派出的使者团上洛，获赐将军足利义晴的偏讳，改名南部晴政，以期通过将军的权威来安定家中。
在三户氏的支配不大安稳的这段时期，辅佐南部安信稳定局面的是以田子城为本城因此被称为田子家的安信之弟高信。天文二年在平定了津轻地方后，高信又以平贺郡的石川城为居城，就任津轻郡代。天文三年，闭伊郡爆发叛乱，被久慈信义和三户氏的谱代家臣樱庭光康所讨平。在天文十年闭伊郡黑森神社的营造栋札中（记录建筑物修建信息及过程的记事牌称栋札）记载大檀那（为寺院或神社等提供布施或帮助其营造之人）为“南
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