后勤营和一个直属连。每个营大约400名士兵。直属连属于中军帐的卫队也配置了200人。经过推选作战营的都指挥史是韩振许俊和岩头军的胡越后勤的是魏一正，直属连的都指挥史是林景衡。在每个营下面安排三个哨长，一个都卫队长。哨长下设三个旗长。大致是这样的分配，基本上满足了各个部队的需要。争吵的事件也鲜有发生。整个军队开始走向了正常化。
对于水军来说，最主要的是在船上生活。他们的士兵从小在南方长大，对于水有一种自然的亲切感。所以很快的水军的训练就开展起来了。水军的主要训练就是在甲板上射击对抗和泅渡。这个是和当时水上船只的性能和功用决定的。当然，那时的船上也有放置抛石车的但由于那东西太大个使用不方便，在进入火药时代的海上作战的时候就被淘汰掉了。谷永宁现在没有这样的可以承载抛石车的船只，但是，火药秘密武器。谷永宁想寻思着是否要将这件武器运用到他的舰队当中来
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