就在这时，年轻的独孤求败单人独剑杀上光明顶，连斩总兵、校尉近百人，官兵大惊失色，四处逃窜。明教剩余残部感念独孤求败的恩德，推选独孤求败做新任教主。独孤求败带领他们西出玉门关近千里，找到了一处风景秀丽、且地形险要的地方落脚。正是现在的黑木崖，明教自此也改称日月神教。
独孤求败独闯皇宫大内，在不惊动一人的情况下摸到了朱元璋的寝宫，逼着朱元璋做出了不再过问日月神教的承诺。经过近百年的发展，日月神教已有教众三万余人，万余人把守黑木崖，其余的分布在中原各地，各个大城市都有以武馆形式存在的分舵。由于朱元璋建国后不断挑唆明教与中原各派之间的紧张关系，使得两方积怨愈深。虽然后来明教灭亡，在其基础上新建日月神教，但是在独孤求败的暗许与推动下与中原各派争斗的更加激烈，百年已后已成为生死大敌。
在此过程中，起初的六大门派昆仑、崆峒由于被张无忧为报父母之仇（作者“新倚天”里的主人公，是张无忌的兄弟。）重创，在后来的争斗中逐渐走向灭亡。峨眉继周芷若之后分为两支，一支仍称峨眉，在晓静的带领下仍留居峨眉山上，多讲经少修武，后代弟子武功越来越弱，逐渐淡出了武林，成为一个只修身礼佛的门派。另一支在晓风师太的带领下北迁山西恒山，在修身礼佛之于仍参与同日月神教的斗争。
武当是明教教主张无忌的家门所在，朱明朝廷也对之礼敬有加，日月神教一般也不会去找武当的麻烦，也逐渐兴旺起来。少林在元末虽也被重创，但南迁江西与宝积寺合并之后逐渐恢复元气，后来更是在“靖难之役”为朱棣立有大功，加封金顶，立为国寺，自此成为“金顶灵鹫寺”仍执武林各派之牛耳。华山派由于因事在张三丰寿宴时没有去武当山，在张无忧的复仇中成为六大派中唯一一个得以幸免的门派，后来发展越来越兴旺，隐隐有与灵鹫、武当、日月神教四足而立之势，由于灵鹫寺与武当自大明建国后已不大过问江湖恩怨。为对抗日月神教，和相继崛起的东岳泰山派、南岳衡山派、北岳恒山派、和中岳嵩山派结成五岳剑派联盟，成为中原武林同日月神教对抗的中流砥柱，由于华山派实力最强，五岳盟主一直由华山掌门兼任。
独孤求败已近百岁，虽须发皆白但脸色红润，十分健朗，一派仙风道骨的风范。独孤求败剑法高明，在剑术上的造诣无人能及，一生境界阶段分为利剑级、软剑级、重剑级、木剑级、无剑级五个阶段，从五十年前创下的独孤九剑后，数十年间寻遍天下高手，只求一败，
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