对于漠南蒙古诸部。
皇帝趁热打铁，这次有漠南十八部来会盟朝贡，这些部先前被清分为两旗或三旗，也有一些部的王公还带着些人马仍跟着满清北逃。
朱以海把这十八部打散，分成三大部，左翼鄂尔多斯，中路察哈尔，右翼土默特。
鄂尔多斯原来的尹克昭盟七旗，改为河朔都护府，七旗加上其它几部迁来，改为十二都督府，狼山南北，黄河东西，置河朔都护府和十二都督府，额磷臣册封为汗，加封为顺承亲王。
以察哈尔迁至现苏尼特之地，以大青山北，东及大兴安岭的高原南部，阿布奈为察哈尔汗，苏尼特、阿巴噶等划入，设武川都护府，下设十二都督府，阿布奈封顺化亲王。
而东面赤峰以北，大兴安岭以东，以东土默特右翼的穆固为土默特汗，设兴安都护府，封穆固为顺义亲王，下设十二都督府，喀喇沁、扎鲁特、巴林等部分设都督府。
对漠北，是基本上按其现状划设都护、都督府，基本上没什么变动，但对于漠南蒙古诸部，则是大调整。
按报上来的数字，此时除了继续跟着满清的科尔沁等部，以及其它部一部份跟随的，现在归附大明的十八部，大约是有十八万户左右，科尓沁等未归附者仍有五万户左右。
比如鄂尔多斯七旗，就有四万多户，察哈尔部有一万多户，归化城土默特有近万户，算下来不到二十万户，人口有差不多百万。
漠北三大部数量少些，也有差不多四十余万。
加上漠西卫拉特四部和青海和硕特，以及草原上大量出家的喇嘛，总共两百多万蒙古人口。
朱以海把漠南的这近百万人口，分到三十六个都督府，平均每都督府五千户。
十八部，每部拆分成左右两翼，分为两个都督府，户数不够的，就从其它多的部落里拆出来补，有多的部落就分到其它少的。
通过这么一番拆分重组，形成了三十六个户数各五千左右的都督府，实际上两个都督府为一个部落，组成了一个万户。
朱以海还让各都护都督府按部下人口编成卫所，一个都督府下设一个卫，统兵五千，卫下设千户所，统兵一千，千户所下设百户所，统兵一百。
这些蒙古卫所，分为五番，轮流服役，一个卫，平时一千人为现役，四千人为预备役。不过现役的一千，也只是登记在兵册上，如果朝廷征召，需要这些在册的现役兵接受调令，只少数在役巡界守边防盗。
蒙古卫所统兵
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