面对隋军的攻击，此时跟着射匮可汗在遏索山大败的龙突骑几乎没有反手之力。当然小国也有自己的生存之道，龙突骑很快派人向隋军投降。
面对焉耆国的投降，隋军之中有两个态度。
李节认为，可以接受焉耆国的投降，将之拉拢到大隋阵营，按照两汉、魏晋经营西域的模式，保留其政府，并在此驻军，大大减少隋军的行政压力。
但黄明辽却认为此策不可行。
这些西域国家，完全是墙头草，到了关键时候，根本不能相信，反而还要防着。毕竟西突厥还在身侧，对西州也保持着优势，谁敢说焉耆不会再次倒向对方。
而且保留这些国家，大隋便不能大规模对其移民，获取其土，如此隋军后勤压力，还是不好解决。
李节觉得，这些西域小国传承数百年，占尽人心，当初北魏灭掉焉耆，还是让焉耆王室复国。若是真灭亡了焉耆，往后怕是要陷入没完没了的叛乱之中。
但黄明辽却是觉得，现在麻烦一些，总胜过以后麻烦。
“李长史若是担心焉耆国人成为隐患，大不了我屠灭焉耆，总不会再有人反叛了吧。”
李节无话。
于是黄明辽决定灭亡焉耆，设立郡县。
黄明辽先是下令秦琼占领焉耆国全境，并以令龙突骑前往轮台请罪的名义带走其国主，然后对焉耆国境内进行清洗。
凡心向西突厥，或者是忠于王室的，尽被清洗。
黄明辽于是下令将焉耆国分为员渠（即焉耆都城）、尉黎、危须（今新疆和硕县境）三县，并置焉耆军镇，以秦琼镇之。同时分设于术、张三城、铁门关等镇。
焉耆国中，果然反抗激烈。龙氏统治焉耆数百年，影响已经深入到整个焉耆国的一草一木。
于是焉耆一地，烽烟四起，到处都是造反复国之辈。
黄明辽乃命秦琼强力压之。
柳驴城（今新疆焉耆回族自治县西南）据城造反，秦琼率部攻破之后，屠城筑京观，于是焉耆之地民众畏惧，虽心向龙氏，但再无人敢造反。
焉耆毕竟小国，人数不多，面对隋朝大军，也翻不起大浪来，于是焉耆之地乃平。
秦琼又奉命继续向西攻破龟兹国的乌垒城（今新疆巴州轮台县境内），复置乌垒县，又设立乌垒镇。
乌垒之地，隶属于龟兹，其地人口虽少，但处在西域的中心位置，西域都护府治所还在此地设置过。秦琼占据此地，离
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