地再次捧得了联赛冠军。只可惜在最后一轮西甲中范尼斯特鲁伊由于受伤被换下，错失了和托蒂争夺欧洲金靴奖，那赛季托蒂在意甲打进二十六球。
赛季结束后贝克汉姆转战美国大联盟洛杉矶银河队，卡洛斯转会费内巴切队，银河战舰时代华丽谢幕。然而由于卡佩罗的足球哲学与西甲追求漂亮足球的踢法不相容，卡佩罗在率队夺冠后再次下台。
2007~2008赛季德国人舒斯特尔出任主帅。走了罗纳尔多、贝克汉姆、卡洛斯等人，皇马买进了罗本、斯内德、德伦特、梅策尔德和佩佩。依靠上赛季打下来的坚实基础，上半赛季，皇马以十六胜两平一负积五十分，有史以来半程最高分纪录成为半程冠军，凭借着这个基础，皇马提前四轮成功卫冕西甲冠军。同时皇马以总比分五比一双杀老对手巴塞罗那，并且在主场接受巴塞罗那列队欢迎冠军的仪式，而本场比赛皇马也四比一大胜巴塞罗那，巴塞罗那直到第八十六分钟才由亨利打进挽回颜面的一球，这是卡尔德隆当政两年半内最辉煌的时刻。
2008~2009赛季卡尔德隆时代积攒下的矛盾如火山般爆发：主席、主帅更迭，夏季的引援失败，球队高层混乱，球员伤病不断。这个赛季皇马不仅四大皆空，还相继被尤文、利物浦和巴萨双杀，联赛最后的五连败更是卡尔德隆乱政的直接后果。在安菲尔德的惨败延续了连续五年未能进入欧冠八强的尴尬纪录，那更是凸显了皇马和巴塞罗那的巨大差距。
在这个赛季死敌巴塞罗那获得了三冠王，而更让皇马球迷痛心的是，小猪施因斯泰格因为卡尔德隆而无法免费加盟。承诺的C罗、卡卡也没有兑现，最终卡尔德隆因暗中操纵选票的丑闻被迫下台，卡尔德隆时代也随着20082009赛季的黯淡被永久尘封。
在卡尔德隆在任的两年半时间里，皇马两夺联赛冠军，但在欧冠赛场却持续低迷。随后的赛季没有大牌巨星的皇家马德里，在联赛中跌跌撞撞，最终在赛季后一无所获。20082009赛季中期，卡尔德隆因舞弊被迫辞职，球队也从此离开了卡尔德隆统治的时代。
西班牙豪门皇家马德里前主席弗洛伦蒂诺召开新闻发布会，正式宣布将参加2009年夏天的皇马主席大选，2006年离开之后银河战舰的缔造者出现在全世界球迷的面前宣布：他将参加6月14日举行的皇马俱乐部主席选举。
2009年6月1日曾经的银河战舰的缔造者弗洛伦蒂诺·佩雷斯复辟成功，并致力于打造银河战舰二代。2009年的夏天皇
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