公元前前7724年，伏羲在榆中称帝，女娲仍留守凤州，公元前前7719年夏天，凤州发生了大洪水。当时伏羲、女娲都住在凤州，他们组织族人乘葫芦舟逃亡到秦岭的太白山下。后来，他们在太白族人的帮助下又重建家园。
公元前7713年，她与伏羲带部分族人迁居于中原的王屋山在那里开辟新的领地。公元前前7710，伏羲封女娲于汝阳，统领中州。
公元前前7707年，伏羲去世，女娲被氏族联盟推举为帝，建都于汝阳，帝号女皇，以乙未年，即公元前7706年为女皇元年，这一年女娲53岁。
女皇二年，即公元前7705年，共工氏不肯听命于女娲，欲自立为帝，女娲怒而命火正祝融率南方部族北伐共工氏。
双方大战的结局是共工氏失败，率部族西奔，怒而袭击祭天圣地不周山。共工率部族攻上山顶，砍倒了天齐建木，割断了八索准绳，定表向东南倾斜，表绳断绝，八维失准，象征王权的祭天中心遭到了严重破坏。女娲又命骊连氏率族人与祝融氏族联合攻打共工氏，将共工氏一族赶往祁连山以北。
由于天齐建木遭到破坏，天象观察和天气变化的预测都不能正常进行；结果这年夏天大洪水来临，人们在毫无知觉的情况下被突然而来的洪水吞没，许多族人都葬身于大洪水中。
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