从那一天开始，湄洲岛上就时常香雾弥漫，有许多人时常可以看到妈祖身穿红衣现身，飞翔在海面上，神灵显灵，救助遇难渔民有无数次，众人感谢她的恩泽并歌颂她的美德，于是在湄洲屿的山上建祀庙祠以供奉妈祖，尊称她为“通贤灵女”，并在湄洲峰摩崖刻上“升天古迹”四个大字，文人雅士纷纷地到此来祭拜她。
宋宣和五年，朝廷派路允迪率领船队出使高丽国，船队航至东海，招遇到飓风袭击，八艘船瞬间被海浪吞没，唯独路允迪所乘坐的船，在船上船桅的顶端，出现了一道红光，彷佛有一位身穿红衣的女子端坐在船桅的上面，风浪顿间停息，波涛转危为安，路允迪感到神奇，他询问幕僚，这是何等神仙相救？船上有位莆田人，向路允迪报告是湄洲神女搭助。
路允迪回到了朝廷复命，他启奏皇帝，告知这一切事情经过的缘由，宋徽宗感到神奇，于是下诏赐封“顺济”的庙额给湄洲岛的妈祖庙，这是妈祖第一次得到了官方的正式祭祀。
元朝建都于北京城，当时的北京叫做大都，是当代中国经济文化的中心，然而大都的粮食等生活用品必须仰赖南方的供应，大多都是利用运河漕运，在运河的沿途多处有急涛险流，妈祖屡次的庇护漕运，维持元朝京都物质供应的生命线，所以上自皇帝，下至官兵及船工，把船只航行的安全，完全寄托于妈祖的庇佑，元世祖至元十八年诏命正奉大夫到湄洲宣布册封妈祖为“护国明着天妃”，载入国祀祭点，每年依制度祭拜妈祖。
明朝永乐三年，明成祖命令郑和首次出使西洋，途中招遇到飓风，海冥黯惨，雷电交作，狂涛巨浪，惊心骇目，众人莫不惊愕，船只危岌欲沈，忽然间有位身穿凤仪的神女，手提红灯腾空飞旋，上下左右施展法术，剎那间烟消霾霁，风息浪平，万里碧波，悠然顺畅，众人说：“此乃天妃显灵护佑。”
永乐五年，郑和回到了朝廷，启禀圣上，宣称海上因为有妈祖的庇佑才能化险为夷。于是明成祖加封妈祖为“护国庇民妙灵招应夕仁普济天妃”。
清康熙二十二年，水师提督施琅奉命率兵东渡攻打台湾，特请妈祖神像随师出航庇佑，军中纷纷传出妈祖与她的左右神将相助战，使得郑克爽不战而降。施琅班师凯旋回朝之后，将妈祖的神迹禀奏于朝廷，康熙下诏封妈祖为“护国庇民妙灵招应仁慈天后”。
清康熙五十九年，朝廷正式将妈祖列为祀典，雍正十一年更通令全国沿海各省大举兴建妈祖庙，春秋祠祀。然而奉祀妈祖最盛，庙宇最多的省份，就是台
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