督察、执法三处。
审判处：便是模仿后世的法院，行使审判之责，由裴宣任统领。
督察处：便是模仿后世的纪委、检察院，专司查察各类违法乱纪之事，由蔡庆任统领。
执法处：专职抓捕违律犯纪之人，由李忠任统领。
绿林军事系统由军机阁负责管理，由卢俊义任军机阁阁正，同时并任梁山军团军团长。
林冲任军机阁副阁正，兼任梁山军团总教习。
鲁智深任军机阁副阁正，兼任梁山军团副军团长。
吴用任梁山军团左总军师长，统管军机阁参谋处。
公孙胜任梁山军团右总军师长。
军机阁内设立参谋、军情、演训、武选、军纪、驭马、督造七处。
参谋处：专责参赞军机，推演军情，由朱武任统领之职，扈成、朱贵、燕青、乐和、铁木华为参赞军师，朱贵仍兼任小王庄总管。
军情处：专责打探军事情报，刺查敌情，由时迁任统领，白胜为副统领。
演训处：专责军团各部的操演训练，由周通任统领。
武选处：专责选拔任用将校官士，招兵扩军，由薛永任统领。
军纪处：专责军中执法，奖惩维纪，由曹正任统领。
驭马处：专责军马饲选、培育，由皇甫端任统领。
督造处：专责督造各类军械用器，由林士远任统领，欧鹏（兼任）、邓飞（兼任）、孟康、侯健、凌振（兼任）、汤隆、樊瑞七人为分路统领。
梁山军团也进行了重新改组整编，由卢俊义为军团长，林冲为军团总教习，鲁智深为副军团长，吴用、公孙胜为左右总军师长。
梁山军团下辖五个军，以及四个军团直属独立师。
第一军由梁山军团总教习林冲兼任军长，下辖两个师，分别为花荣第一师，以及呼延灼第二师。
第二军由赵云任军长，下辖两个师，分别为原孙立独立第一师，现改为梁山军团第三师，以及原董平第八师，现改为梁山军团第四师。
第三军由梁山军团副军团长鲁智深兼任军长，下辖两个师，分别为原秦明第三师，现改为梁山军团第五师，以及索超第六师。
第四军由杨志任军长，下辖两个师，分别为原杨志第五师，现改为梁山军团第七师，并升调原第八师旅长张清任师长，以及原关胜独立第二师，现改为梁山军团第八师。
第五军即是原来的梁山水军，现仍由李俊任军
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