教育部在开年之初，颁布了《普通教育暂行办法》和《普通教育暂行课程标准》，在焦芳的主持下，教育部内各级官员在向皇帝陛下请示之后，正式颁布了《学童暂行教学计划（草案）》。至此，大明新式教育与教育制度改革步入正轨，朱厚照在整个年关，都不曾休息，他向教育部众多官员阐述了今后大明教育发展的方向和理念之后，亲自参与了学童教材的编写计划，其书籍中除了有帮助学童正思想，树新风的思想教育类书籍之外，还有算术和地理等。
教育财政支出由皇帝陛下内帑提供，由于这笔钱是用于投资给下一代人的，对于大明改革的成功与否至关重要，朱厚照在这方面并不吝啬，在接下来的几年时间里，教育投资的比重逐年增大，此处暂且略去不表。
但是教育部虽然已经成立了，各类指导文件也已颁布，不过由于其模式是否成熟，其与科举制度的效果孰好孰坏，内阁并不清楚，是以经过召开内阁会议之后，他们最终与皇帝陛下之间达成了一致，其教育改革先由京师及京师附近各处进行试验，其它地区的教育改革事宜缓行。
除去教育部之外，朱厚照还着令成立了商务部、农业部、工业部等部门，这些部门的职责与六部相冲者，则转由这些新部门承担相应职责，至此，六部权力以大为削弱。
这些制度改革并未引起多少动荡，朱厚照此时已经掌握了京营部队的全部权力，再加上内阁之中，杨廷和与焦芳均是皇帝陛下提拔上来的，各省情况与大明周边小国的情况，也都被东厂与锦衣卫所掌握，诸如刘瑾，张永，谷大用等宦官，皆誓死效忠皇帝陛下，故朱厚照的权力仅次于明太祖朱元璋与明成祖朱棣，成为了又一个说一不二的帝王。
而朱厚照之所以能够做到这种地步，除了因为他做事雷厉风行，且随后都被验证为是正确的之外，他还消除了各地士绅富豪对朝廷的影响，全面掌管了军政大权，南方王琼、王守仁、孙赋等，皆为朱厚照心腹，关外李如林等，也早已对皇帝陛下表露忠心，现如今唯有九边重镇还似比较散漫，不过朱厚照也有法子对付这些自以为手握大权的边防军将领。
正德二年春，数万蒙古军队入侵固原，总兵官曹雄拒绝派兵援助。朱厚照在得知情况之后，命人立斩曹雄，同时责令杨一清率轻骑自平凉昼夜行军，抵御入侵并发动奇袭，最终是击退了蒙古军的进犯。
在杨一清率兵抵御入侵期间，朱厚照着令兵部严查九边重镇的边防建设情况和练兵情况，还有粮饷发放和使用情况等，其实东厂的情报
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