根据学生领袖张国焘的回忆，学生队伍准备向天安门出发时，蔡元培校长曾出来劝阻。
他还谈到，一位叫易克嶷的同学当场向蔡校长痛陈学生的内心积愤，恳求校长不要阻拦大家。其他的多数同学颇感不耐烦，发出了“嘘！嘘”的吵嚷和怒骂声。
看看时间已到，张国焘忙挤向前去，高声向校长说：“示威游行势在必行，校长事先本不知道，现在不必再管了，请校长回办公室去吧。”
于是他和其他几位同学连请带推地将蔡校长拥走。
这和其他人的回忆有些不符。
据罗家伦在《蔡元培时代的北京大学与五四运动》一文中回忆，“五月三日那一天，清华大学举行纪念典礼，许多北大的人，都到清华去参观，那天我也去了。直到晚上八九点钟才回来，不料三号那一天，邵飘萍到北大来报告，说是山东问题已经失败，在校的一班同学，于是在北河沿法科第三院召集临时会议，最初由邵飘萍报告，以后由许德珩等一班人慷慨激昂的演说，还有一个刘仁静，当时还不过十八岁，带了一把小刀，要在大会场上自杀。还有一位，要断指写血书的，于是当场主持的几个人，不能维持我们以前决定的五七发难的成议，当场议决在第二天（即五月四日）联合各学校发动，并且当场在北大学生中推出二十个委员负责召集，我也是其中一个，由他们各学校联络进行。”
关于蔡元培，罗家伦给出的评价是：“这一次蔡孑民先生确是有一种特别的表现，就是五四事情出来以后，他不和前次一样的辞职，反而联合各大学的校长，负责的要求北京政府释放被捕的学生。”
罗家伦所说的“前次”，指的是1918年5月21日，北京大学、高等师范、工业、法政四校的学生，以及回到国内的留日学生4000多人，赴新华门向代理大总统冯国璋请愿，要求政府废除中日两国的《防敌军事协定》。蔡元培闻讯后一大早来到学校加以劝阻，劝阻无效后向当时的大总统冯国璋提出辞呈，经多方挽留才答应留任。
许德珩在《五四运动在北京》一文中，提供的说法大致相同：“北大校长蔡元培先生是负行政责任的人，他同情学生，而又不愿意闹得过火，……”
而根据蔡元培自己的说法，他应该也没有阻拦学生上街。
蔡元培晚年在回顾五四运动的历史时，总结自己对学生运动的看法：“五四运动发生的时候，我对于学生运动素有一种成见，以为学生在学校里面，应以求学为最大目的，不应有何等政
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