原因很简单，在蔡元培看来，文、理是不能“分家”的。
例如在他看来，文科的史学、文学均与科学有关；而哲学更是以自然科学为基础的；同样的，理科的各个专业，都与哲学有关。蔡元培认为，哲学应是科学的归宿。同时，有些学科彼此交叉，根本无法以文理来划分。例如，心理学以前从属于哲学，由于后来广泛采用科学试验的方法，归入理科也说得通；再如地理学中的人文方面应属于文科，地质专业的地文方面则属于理科的范畴。
蔡元培批评文理科划分得过于清晰，弊端很大。他认为这造成的后果是，文科生将“因与理科隔绝之故，直视自然科学为无用，遂不免流于空疏”，理科学生则“以与文科隔绝之故，遂视哲学为无用，而陷于机械的世界观”。这个看法是深刻而富于远见的。蔡元培坚决主张北大应打破学生“专己守残之陋见”，“沟通文理，合为一科”。
1918年9月20日，蔡元培在开学仪式的演讲上说；“近并鉴于文科学生轻忽自然科学，理科学生轻忽文学、哲学之弊，为沟通文、理两科之计画。”
1919年，蔡元培即废止北大文理科的科别，将原来分属文、理、法三科的14个专业一律改成为系，原来分属于这三科的各系分别改称第一院、第二院、第三院。这个院，不是院系的院，而是大院的院，也就是说，是按各科所在校园内的地域而划分的，并不算做一级机构，从而模糊了专业的概念。
一个没有哲学和思想的民族是没有灵魂的民族，注定不能自立于世界民族之林。但在中国近代“救亡图存”的风气之下，在学人中也出现了急功近利的浮躁思维。蔡元培之所以如此重视文、理两科，并且还如此重视“文理沟通”，他深层次的目的还在于，要扭转当时大学中“重术轻学”“重工轻文理”的偏向，从而为基础学科的学术研究营造风气。
蔡元培进一步提出，中国近代在学习西方过程中亦始终犯了“重术轻学”的毛病。
他说：“中国羡慕外人的，第一次是见其枪炮，就知道他的枪炮比吾们的好。以后又见其器物，知道他的工艺也好。又看外国医生能治病，知道他的医术也好。有人说，外国技术虽好，但是政治上止有霸道，不及中国仁政。后来才知道外国的宪法、行政法等，都比中国进步。于是要学他们的法学、政治学，但是疑他们道学很差，以后详细考查，又知道他们的哲学，亦很有研究的价值。他们的好处都知道了，于是出洋留学生，日多一日，各种学术都有人研究了。然而留学生
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