半个月后，他们又迁至附近的一个小镇圣多耐，蔡元培一家人住在一家帽店楼上。房东是相依为命的母女，她们对素不相识的中国人的友好情义，一直驻留在蔡元培一家人的心底。不久，蔡元培等人又又移居法国南部城市都鲁尔，这时他们的生活才基本上安定下来。
在战乱和频繁的迁徙之中，蔡元培一直坚持编著工作，其重要著作《哲学大纲》，就是在这段时间完成的。
《哲学大纲》连同蔡元培的另一部著作《简易哲学纲要》，主要是依据李希脱尔、泡尔生、冯特、文德尔班等四位哲学大师的有关著作编写的，但其中也不乏他的学习体会和独立见解。
《哲学大纲》分通论、本体论、认识论、价值论四个部分。通论中阐述了哲学之定义、哲学与科学之关系、哲学与宗教、哲学之部类等问题。蔡元培认为“哲学为全体知识之学也，是学问中最高之一境”。哲学为一种“普遍之科学，哲学与科学互为因果，而又自有其领域。哲学分为系统之学与律贯之学，而系统之学又有论理学与认识论之分，律贯之学又有特别哲学与普通哲学之分”。
他指出哲学又可分为自然哲学与精神哲学。自然哲学包括宁宙论、生物学与人学，精神哲学则包括伦理学及法律哲学、美学、宗教哲学。认识论一编中，他着重论述了有关哲学“认识之概念、主观之认识、实现世界之认识、本体世界之认识、认识之程度”等几个问题。
蔡元培说：“哲学之认识同伦理之认识，对于真理或非真理所作正确之判断是也。认识分之为主观之认识、实现世界之认识、本体世界之认识，为其对象不同而性质亦有不同也。奉体论论述了何为本体论及世界之实在及性质几个问题。”
他对唯物论、实质唯识论、二元论一元论部分则分别作了说明。
关于世界“全体之实在及性质，则又举无神论、泛神论及有神论”三者予以阐明。
价值篇一编，他说“价值即意识悬一种之鹄的而欲有以达之。后则分道德、宗教思想、美学观念叙述之”。
关于哲学方面，蔡元培还有《怎样研究哲学》、《哲学要领》、《妖怪学讲义》等一系列的文章和著作。
他所以如此重视哲学问题，是因为在他看来，宋代以后，中国的哲学便趋于僵化了，到了清代，几乎无哲学思辨可言。这种学术状况，是导致近代中国全面落后的要因之一。欲救此弊，便应当大力学习西方先进的学术成果，创造中西合璧的新文化。因此，大力向国人介绍西洋的哲学
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