1912年10月，蔡元培主政的教育部颁布《大学令》。
《大学令》是民国初期关于大学教育的第一个通令，共 22 条。
规定大学以“教授高深学术、养成硕学闳材、应国家需要为宗旨。分文、理、法、商、医、农、工七科；以文理二科为主，须文理二科并设，或文科兼法商二科，或理科兼医农工科者，方得称大学”。
大学内设预科 3 年，收“中学毕业生及经试验有同等学力者”；设本科 3 年～4 年，“收预科毕业生或经试验有同等学力者”，毕业后称学士；设大学院，不设年限，收各科毕业生或经试验有同等学力者。
全校设校长 1 人，总辖全部事务，各科设学长 1 人，主持一科事务；教员设教授、助教授，必要时得延聘讲师。
全校设评议会，以各科学长及教授若干为会员，校长自为议长，负责审议各学科设置及废止、讲座种类、校内规则、大学院生成绩、授学位等事项；各科设教授会，以教授为会员，学长为议长，负责审议学科课程、学生试验、该科大学院生成绩、请授学位者合格与否等事项。私人或私法人亦可设大学。该令于 1917 年 9 月修正，主要内容有：设二科以上者都可称大学，单设一科者亦可称单科大学；本科修业年限 4 年，预科 2 年；教员设正教授、教授、助教授，必要时得延聘讲师。
这体现了蔡元培民主办学的思想。
日本政府在1918年曾颁布实施《大学令》，蔡元培主持制定的《大学令》显然是学习日本。
《大学令》准许社会上的民间人士设办私立大学。同年11月又公布《公立私立专门学校规程》，规定国家对于公立、私立专门学校一视同仁，不同点在于，私立专门学校的开办在呈报教育总长认可时，“须开具代表人之履历”，而“代表人对于该校应负完全责任”。
《大学令》一出台，1912年至1927年间，中国大地上出现了兴办私立大学的热潮，涌现出一大批著名教育家和学校。例如严范孙、张伯苓创办的南开大学，陈嘉庚斥资创办的厦门大学，张謇创办的南通大学，以及大同大学、大夏大学、光华大学、中法大学、广州大学、广东国民大学、上海美术专科学校、东亚体育专科学校等，这些学校后来成为中国诸多著名高校的前身。
教育部还出台了“整理教育方案草案”，提出“教育自治”的基本原则。其第一条规定，要“变通从前官治的教育，注重自治的教育”
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