在北京，自治运动有两个大的组织，一是江苏、安徽、江西、山东、河南、甘肃、广东、四川、福建、湖北、广西、山西十二省和北京市代表组成的各省区自治联合会。一个是直隶、山东、河南、山西、四川、湖北、湖南、江苏、江西、安徽、浙江、福建、广东、广西十四省代表组成的自治运动同志会。
在北京以外，天津成立了直隶、山东、河南、山西、陕西、热河五省一区自治运动的联合办事处。上海成立了旅沪各省区自治联合会。
自治是需要条件的，与民主政治的发育状况相关。现代国家，很多地方都实行自治制度，大多都运转的不错。在那时的中国，若想真正实行自治，先决条件是必须废除督军。如果督军制不能废除，即使本省人做了省长，这个省长也只是一个傀儡，不可能发生什么作用。即使督军是本省人，也不过是本省军人的专制。
自治运动在发展的过程中，很快触及到军人政权这一块，于是废除督军和主张民选省长成了自治运动的主要取向。
前边提到过，江苏省议会在李纯自杀后，决议废除督军。与此同时，江西省议会弹劾省长戚扬并通过民选省长案；安徽和湖北两省也有同样的呼声。
甘肃各团体和旅京同乡，在北京政.府任命蔡成勋为甘肃督军后，于民国九年十二月三十一日发起拒蔡、废督、和“甘人治甘”运动，吓得蔡成勋不敢到任。
在北方，直隶省议会建议各省省议会派代表到上海，于民国十年年一月十七日举行联省会议，讨论制定省自治法的问题。
这个时候的北京政.府，本就没什么作为和行为能力。一方面，对“自治”运动虽然不赞成，但无力反对。另一方面，不敢得罪握有兵权的各省督军，更不能随便调动他们。只好退而求其次，尽量派本省人为本省省长，以回应各省自治的诉求。
督军们有的想自兼省长，有的想用自己人为省长，便又常发生北京政.府任命的省长，因事先未征求各该省督军的同意而遭拒绝。例如，北京政.府任命的湖北省长夏寿康，因为受到督军王占元的反对，开始在汉口设立省长行署，很快就被驱逐下台。
风行全国的“自治”运动自然也波及到了广东，与别地不同的是，广东人“自治”运动的要求是把桂系赶走。
而另一方面，直皖战争中直系大胜后，一直以来和直系一唱一和的桂系，也拟借这机会混水摸鱼。具体计划是派兵入闽，想法是一石二鸟，表面上是伐闽，进军时顺道先灭粤军。
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