一直忍气吞声的总统府人员，如哈汉章、金永炎、黎澍、蒋作宾等，也强硬了起来，都群起而呼应丁佛言。
段祺瑞本来因黎元洪时不时的过问一些事就烦得要死，怎能受得了这一套。便撂起了挑子，请假不视事。
后经徐世昌等说和，段祺瑞才稍稍做出让步，于八月廿六日手谕徐树铮：“本院呈请大总统核阅文件，应责成该秘书长躬自递呈，用印后赍回，无论风雨黑夜，不得假手他人，以昭慎重而免差异。”
同时有文呈报黎元洪：“逐日文件，均由树铮躬递。该员伉直自爱，不屑妄语，其于面对时，凡有声明为祺瑞之言者，祺瑞概负全责。”
对有关府院权限问题，亦议定折衷办法如下：
（一）国务会议议事日程先期呈阅，事后送呈议事纪录；
（二）国务会议散会后，推国务员一人入府报告议决事项；
（三）每星期五，国务员齐集总统府会商政务。举行聚餐；
（四）总统对国务会议议决案如有认为不合者，得命总理及主管阁员说明其理由，如仍认为不合，得交复议一次；
（五）未经国务会议议决之命令，总统得拒绝盖印。
府院职权因此明确划分，这样一来，总统府和国务院的矛盾，得到了一定的缓解。
徐树铮不只和总统府秘书长对立，在国务会议中也引起了极大的麻烦。在第一次阁议中，内务总长孙洪伊就和徐树铮吵了起来。这便是我们前边提到过的“阁潮”，
照法理讲，国务院秘书长只能列席内阁会议，并无发言权。那次阁议中，讨论到广东李烈钧和龙济光的纠纷，徐树铮主张电令闽、粤、湘、赣四省会剿李烈钧。孙洪伊主张去电和解，其他阁员皆赞成孙的主张，不过为了段的面子，没有制止小徐发言。
徐树铮竟于阁议后，将会剿李烈钧的电报拍发，待四省复电国务院，阁员们才知其事。孙洪伊遂在阁议席上指责小徐，小徐也反唇相讥，两人几乎拍桌吵闹。后因段祺瑞袒护小徐并主动承担责任，阁员们顾及段的面子，才未过于追究。
总统和国务院职权划分后，国务院大权几乎全集中于徐树铮之手。不止孙洪伊不满，其他阁员也不满意。不久发生了任命郭宗熙为吉林省长和查办福建省长胡瑞森案，遂使内阁的火.药气氛接近爆炸。
这两案都是徐树铮擅行决定，得段同意办理，既未经阁议审查，又没有主管内务总长副署，徐即以国务院名义径行咨复国会。
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