谜。
一种意见，是清皇室主使周符麟、马步周暗杀了吴禄贞。
持这种说法的人认为，清廷对握有兵权的袁世凯甚感恐慌，因而起用反袁的吴禄贞为第六镇统制，想以此来实现以吴制袁的目的。
武昌起义后，吴禄贞联合革命党，屯兵威胁京师，这是清廷始料不及的，所以清皇室要派人暗杀吴禄贞。
杨玉如著的《辛亥革命先著记》就说：“清廷以禄贞行动威胁清廷，遥助革命党 ，深加痛恨和恐惧。奈当时军威已替，又不敢显示其非，明正其罪，恐致激变，只得用二三权臣卑劣之计，密购绿林贼盗往石家庄将吴禄贞刺死。”
张难先所著《湖北革命知之录》也说：“军咨府大臣载涛，知马步周、周符麟与吴禄贞有隙，就秘密将他二人叫到北京，许以二万两银子，并许将来保他们升官，教他们刺杀禄贞。”
罗正伟编的《滦州革命先烈事略》则认为是：“良弼知禄贞有异，乃重贿啖其部下原第十二协统周符麟往刺之。”
然而，当时的直隶总督陈夔龙在《梦蕉亭杂记》中说吴禄贞“为项城（即袁世凯）遣人暗杀”。曾在袁世凯的亲信随从唐天喜家做过家庭教师的任芝铭在回忆录中说：唐天喜告诉他，是袁世凯主使周符麟、马步周暗杀吴禄贞的。
任芝铭认为，北洋军队一向由袁世凯所控制，清政.府把吴禄贞安插在北洋六镇中来抑制袁世凯，必然引起袁世凯的忌恨；况且吴禄贞一上台就联合革命势力，截留清政.府运给袁军的军火列车，使袁世凯面临南北革命军夹击的形势。
所以唐天喜说：“老头子（袁世凯）不止一次说要杀吴禄贞。”再说，清政.府大兵南下攻打革命军去了，京畿空虚，怎么敢加害重兵在握的吴禄贞。
张国淦编著的《辛亥革命史料》写道，当时的军咨府第二厅厅长冯耿光说：吴禄贞与载涛、良弼关系很好，他们曾多次密议铲除袁世凯的方法。
吴禄贞的存在，不仅对清廷是个严重威胁，对袁世凯也是个极大的障碍。清廷和袁世凯都有可能谋杀吴禄贞，因此以上两种说法各有所据。
吴禄贞的参谋何遂却提出了另一种看法，他认为是清**和袁世凯共同主谋暗杀了吴禄贞。
他说，军咨府第三厅厅长陈其采是清廷所派，去石家庄监视吴禄贞的行动，周符麟则是受袁世凯指派。
周符麟到石家庄，召集部分军官密谋暗杀事宜时，陈其采也参加了，马步周就是被他们共同收买，去暗杀吴禄贞
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