此类不幸，袁世凯下令各州府，各县对其境內的教堂和教士严加保护。
同时提醒各教堂的神职人员，集中居住，减少外出。
朝廷因此事是涉外事件，要求袁世凯尽快破案并严惩凶手。
同时要求袁世凯派部弹压阻止德国人修筑铁路的高密民众，防止德国找借口生事。
英国公使窦纳乐得知卜克斯死讯，立刻向总理衙门递交了照会。
要求必须采取切实措施，确保传教士的安全。同时指定上海副领事甘伯乐带两个教士到济南，监督对杀人凶手的审判。
过了几天，杀害卜克斯的人犯解到。袁世凯令按察使胡景桂和济南知府卢昌诒审理，他自己也亲自审讯了几次。
甘伯乐到来后，态度强硬、目空一切，提出四条处理意见：第一、将凶手从严治罪，巡抚会同观审，领事监刑。第二、将泰安知府和平阴肥城两知县革职，永不叙用。第三、照教会绘制的图纸，在行凶的地方为卜克斯建立教堂，由教士选择地方，官府拨款，并由民众集资立碑。第四、恭录上年十二月初四日著迅，将疏防的各官行参处的谕旨及办案情形，由巡抚出告示晓谕，不得再发生此类事件。
袁世凯没有像某些清廷官员那样唯唯诺诺，表现得有理有节、不卑不亢。据理力争，立即将巡抚会同观审，和将泰安府和二知县革职、永不叙用两条驳回。虽然同意在行凶的地方建立教堂，集资建碑，但地方不能过大，投资不能超过一万两。完全答应的只有第四条。
在对犯人协商量刑时，甘伯乐要求此为恶性杀人事件，主犯和从犯应一律斩首。
袁世凯怕激起民变，只同意将两个首犯斩首。而后又驳回了甘伯乐其它无理要求。
甘伯乐因理亏词穷，只能泱泱而去。
这个时候的清廷对义和拳的态度暧昧，分歧也很大。
当得知袁世凯坚决与义和拳为敌后，有人提议清**不能让袁世凯轻易出兵清剿，有人甚至提出把袁世凯换下来。
清廷也不同意采取简单的高压政策，发出廷寄告诫袁世凯：遇有民教之案，持平办理，化大为小，化有为无，不可徒持兵力，转致民心惶恐。
三天后又下达一道措辞相当严厉的电旨：“拳民聚众滋事，自无寛纵酿祸之理。唯目前办法，总以弹压，解散为第一要义。如果寻击官兵，始终抗拒，不得已而是以兵威，亦应详查案情，分别办理，不可一意剿击，致令挺而走险，激成大祸。
“着袁世凯相机
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