文官武将做事，则是因为上谕与其他圣旨最大的不同，在于其高效快捷，对任何一件军国大事能够迅速作出反应，并且能够准确传递皇帝的决心和意图。
而以奉天承运皇帝诏曰、制曰、敕曰等开头的朝廷圣旨则不然。
一来它需要内阁的副署，若是其不符合内阁的意图，那么就需要重新起草。
二来内阁同意了之后，还需要六科廊来审核，检讨其中的所谓得失利弊。
再者，等到六科廊的给事中们检讨修改完毕后，即便最后通过了，其最终的结果，很可能已经距离皇帝最初授意的那个意图很远了。
而且最重要的是，让皇帝的旨意在各个中枢机构之间转来转去，相当地浪费时间。
若是天下承平的时代，出于对一封圣旨的审慎考虑，避免给天下带来损害，这样做当然是没有错的。
但若是追求军国大事的办理效率的话，这样一个拖沓冗长的过程，简直就是一个灾难。
在崇祯三年这个天下纷乱的秋天，崇祯皇帝当然容不得一个来自东南的事情消耗了朝廷太多的时间。
因此，在孙承宗、南居益合议了崇祯皇帝了的想法之后，军机处很快就形成了几道上谕，交给皇帝御览之后，迅速以军机处上谕的形式，通过朝廷驿递发往南京和闽浙总督府而去。
军机处秉承崇祯皇帝的决心和意图，发给南京和闽浙总督府的上谕，一方面快刀斩乱麻地处理了闽南的问题，另一方面也算解决了一直悬而未决的南北五军都督府几个属员的人选：
“上谕南京吏部、兵部、镇守勋臣、守备中官并闽浙总督府、福建抚镇诸臣：
“惊闻九月粤寇自海上袭击闽南，大掠人口财货而去，致使南澳、金夏、月港等地咸受其侵害，闽地督抚镇臣不可谓无罪责。
“着即免去熊文灿福建巡抚一职，以右佥都御史改任南京海军行都督府右护军，上谕到日即刻赴任。
“着即免去卢毓英镇守福建总兵官一职，以镇海卫指挥使世职改任海军都督府都督佥事，上谕到日即刻赴任。”
与此同时，崇祯皇帝为了这几个人的变动不至于影响到东南的大局，同样在上谕之中明确了接替的人选。
“上谕南京吏部、兵部、镇守勋臣、守备中官并闽浙总督府、福建抚镇诸臣：
“闽浙总督温体仁上体天心、下顺民意，任职闽浙两年半，厉行移民屯垦、开海通商之策，不仅东番、舟山等海外荒岛人口充实，更兼宁波、泉州
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