时的上杉军已经占据了绝对的优势。败退回石山御坊的下间赖廉也明白己方很难突破上杉军在石山御坊外构建的阵地，而播磨的一向宗信徒也无法通过海路为石山御坊输送粮草辎重。
此后，今川氏定在获得了三门佛郎机炮后，不断对石山御坊发起轰击。
从八月下旬至九月中旬，这时的石山御坊已经俨然一副地狱景象——城中粮草断绝，互相杀食，人用黄泥细者，以人油炸而食之。
虽说石山御坊已经陷入了弹尽粮绝、内外交困的窘境之中，但上杉军依旧久攻不克。
其主要原因除了今川氏定所统辖的和泉、河内之兵在此前的连续作战，已经较为疲惫的因素外，还有因八条景定、上杉氏虎二人为了不让关东八国的守备空虚，将原本用于围城的五万余军势遣返原籍。这才导致今川氏定以疲惫之师攻石山御坊如此坚固之城，自然是困难重重。
元龟二年，九月三十日。
坐镇京都的八条景定自然不能容忍石山御坊的战局持续胶着，他直接下令准备西进攻打播磨的摄津守护上杉景信节制三好康长、有马丰氏、池田直正、和田惟长等摄津诸将，以八千余军势再加西近江上穴太众（石匠团体）的后藤基国（原别所家家臣）、藤冈九兵卫等人立即南下，协助今川氏定攻打石山御坊。
而上杉景信所率的这一支生力军抵达，成为压死石山御坊守军这匹骆驼的最后一根稻草。
为了尽快攻落石山御坊，今川氏定与上杉景信所部合流之后，就以穴太众为主，对石山御坊开堀地道向御坊之中进攻。
即便守卫石山御坊外围的出丸、西之丸、东之丸等曲轮的一向一揆军仍然进行顽强的抵抗，但终究无力阻挡上杉军的凌厉攻势，先后被攻落。上杉军也因此突入石山御坊的寺内町（由东町、西町、南町、北町、清水町、桧屋町、青屋町等町以及所组成）之中。
由于寺内町中存在着大量沟壑、望楼，上杉军并没有仓促对位于寺内町中心的御影堂、阿弥陀堂进行攻击。
也就在此时，本愿寺显如不忍石山御坊之中的信徒大量被害，就说服了下间赖廉、下间赖康、下间仲之、下间赖龙等石山本愿寺高级坊官，并派遣使者，前往上杉军本阵，向今川氏定说明石山本愿寺方面愿意开城并退出石山御坊，希望上杉军能保全寺内町信徒的生命。
随后，本愿寺显如还与下间赖廉、下间赖康、下间仲之、下间赖龙、如春尼（本愿寺显如正室）、本愿寺教如等人联名写下誓书，并希望时
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