原本支持三好家的二条晴良在得知三好三人众迅速从京都撤离后当场就傻眼了，他完全没有想到三好三人众竟然会连撤出京都的消息都不提前告知自己，甚至也没将织田·上杉联军击败六角家的消息通知他。
可还没等二条晴良带着四个儿子以及家卷逃离京都之时，织田·上杉联军就已经抵达了山城清水寺一带，并将京都周边的道路尽数封锁起来，使得二条一族根本无法离开京都。
而这时的朝廷，见三好军撤离京都后，当即对二条晴良、九条稙通女婿十河一存，九条兼孝养父，、高仓永家高仓永相之父，女婿九条兼孝、高仓永相等三好派公卿进行清算，在正亲町天皇的许可下，将他们的官位尽数褫夺。
而织田信长在率军进入京都后，并没有立即对亲三好派的公卿进行惩处，反而是先命令家臣管屋长赖与细川藤孝、一色藤长、三渊藤英、明智光秀等足利义昭麾下奉公众一同负责制定洛中法制，并派兵护卫皇室御所以及维护京都周边的治安。
可就在这时，身在大和的松永久秀倒是非常识相，把自己的儿子松永久通送往织田信长身边当人质，甚至还将自己珍藏的着名茶器‘天下一振吉光’、‘九十九发茄子’献给了织田信长，希望织田信长能从中斡旋，赦免三好义继、松永久通二人参与永禄大逆一事。
织田信长在得到‘天下一振吉光’、‘九十九发茄子’两样茶器后，感到非常高兴，顺势就将此事答应了下来。毕竟在他看来，松永久秀还有很大的利用价值，若是织田家获得了松永家的支持，那么必然可以迅速在京畿诸国之中站稳脚跟。说不准，织田家之后还能以松永久秀为先导役，向大和、河内、和泉、摄津、澹路等三好家控制下的领国发起侵攻。
得知松永久通已经身在织田军阵中的足利义昭则是对此感到非常不满，因为三好义继和松永久通二人可是与三好三人众一同发起永禄大逆的人，而且松永久秀作为三好家重臣、足利将军家幕臣不可能不知道此事，他对织田信长的好感度瞬间下降了不少。
不过，足利义昭并没有对未来感到太多的绝望，因为他还有上杉家的支持。负责护卫自己安全的就是上杉家重臣色部胜长、斋藤朝信、直江景纲等人，这些人中不少是上杉家的谱代家臣出身，自己还能通过他们与上杉谦信、八条景定取得联系，若是织田信长将来对自己不利的话，还能借助上杉家的力量将织田信长讨伐。
尽管织田军在织田信长的命令下，在京都周边竖起大量‘严禁滥妨狼藉’的木牌
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