的领土，成为其进行宗教战争的前沿阵地。咸平年间（998～1003年），萨土克?博格拉汗之孙玉素甫?本?哈桑乘喀喇汗王朝大汗阿赫马德与副汗纳赛尔争战之机，进占喀什噶尔（原疏勒国都城），自立为卡迪尔汗。景德三年（1006年），玉素甫?卡迪尔汗出兵击灭于阗，实力大增，西进争霸，占领喀喇汗王朝首都八拉沙衮，成为大汗。因为喀什噶尔是玉素甫?卡迪尔汗的发迹之地和东方重镇，其地位十分重要。康定元年（1040年），喀喇汗王朝分裂为东、西两部分，东部喀喇汗王朝的大汗为玉素甫?卡迪尔汗之子阿斯兰汗苏来满，都城即为喀什噶尔。
南宋绍兴四年（1134年），西辽耶律大石领兵进驻东喀喇汗王朝领土，东喀喇汗王朝成为西辽的属国。喀什噶尔仍为东喀喇汗王朝首都，但已归入西辽王朝的版图。嘉定十一年（1218年），蒙古成吉思汗派大将者别那颜西征，擒杀篡夺西辽政权的曲出律，喀什噶尔一带成为蒙古汗国领地。宝庆元年（1225年），成吉思汗西征中亚，凯旋而归，分封诸子，喀什噶尔周围牧地为二子察合台的份地。淳一年（1251年），蒙古设别失八里等处行尚书省，喀什噶尔周围虽为察合台汗国领地，但城市及农区则归别失八里等处行尚书省管理。咸淳五年（1269年），以窝阔台汗海都和察合台汗都哇为首的西北蒙古宗王举兵暴乱，反抗蒙古大汗忽必烈，不时进扰喀什噶尔地区。
元世祖至元十一年（1274年），元军逐走东扰的海部、都哇叛军，朝廷遣官安慰哈失哈尔（即喀什噶尔）、鸭儿看（即叶尔羌）、斡端等城百姓，还在鸦儿看的河上设立13个水路驿站。至元二十六年（1289年），元朝撤消斡端宣慰司都元帅府，在此前后哈失哈儿、鸭儿看等地落入海都、都哇叛军之手。后，今喀什地区境域为察合台汗国辖地，为其属部朵豁剌惕部领地。至正六年（1346年），朵豁剌惕部异密布拉吉，拥立秃黑鲁帖木儿为汗。秃黑鲁帖木儿曾派兵西征，一度统一察合台汗国，但他死后，察合台汗国仍分裂为东西两部分，喀什噶尔、叶尔羌等地属东察合台汗国，统治权则仍掌握在朵豁剌惕部首领手中。
明初，朵豁剌惕部统治地区四分五裂，各不统属。据《明实录》记载，这些地面的统治者经常分别向明朝进贡，其中哈失哈（喀什噶尔）、鸭儿看（叶尔羌）各有头目。成化十六年（1480年），米尔咱?阿巴拜克热在占据叶尔羌、喀什噶尔等地，自称“苏丹”，公开脱离东察合台汗国辖制，建立地方政权。《拉
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