山喷发叠加而成，最大的五个火山口合称“阿苏五岳”，由中岳、高岳、根子岳、杆岛岳和乌帽子岳组成，其中海拔592米的中岳火山口一直没有真正平息，平时白烟滚滚，在绿色高原和蓝天之间显得特别醒目。
阿苏山形成于四次大规模火山，时间为27万年前、14万年前、12万年前、9万年。整个范围包括东西之间十八公里、南北之间二十四公里，成椭圆形，在北端的大观峰可以一览全部阿苏五岳的火山锥，视角绝佳。
熊本的西部面向明海与八代海，其外海与东海相连，东部有九州山地，从山地流出白川、绿川以及被称为扶桑三大激流之一的球磨川，其下游地区有八代平原，风景都很优美。
在后世的扶桑“名水百选”中，熊本附近有白川水源、池山水源、菊池水源和轰水源入选，因此熊本也有“名水之乡”的美称。
熊本的名胜古迹有很多。
园林中最有名的是熊本细川家初代家主忠利建造的水前寺成趣园，设计取材于歌川广重的浮世绘《东海道五十三次》，“东海道五十三次”是江户时代从江户到京都的五十三个官方驿站“本阵”的合称，“成趣园”取名自陶渊明《归去来辞》中的诗句“园日涉以成趣”。
熊本城，别名杏城，与姬路城、名古屋城后世并称为“扶桑三大名城”，是桃山时代加藤清正从1591年开始用了15年时间才在1606年完成的。城池气势豪壮，占地周长12公里，以天然河流为城壕，垒巨石为城垣。在1625年，熊本城遭遇强烈地震，城内的火药库爆炸引发大火，城池遭到了巨大破坏。
1632年（宽永九年）细川家取代加藤家统领熊本藩，首代家主忠利花了超过十年的时间年才修复了熊本城。
熊本城的缔造者加藤清正在内政上除了善于建城外还善于治理水利。他主持建造的水利工程最大的优点就是坚固、耐用。未来，有相当数量的水利设施在经历了四百年的时间冲刷后依然为当地的百姓所利用。每当水灾过后，有惊无险的当地百姓都会情不自禁的说：“这真是托了清正公的福啊！”但凡河堤决口，他们就会怒气冲冲的质问政府官员：“为什么清正公造的堤历经数百年都不倒，你们这些现代科技的玩意岂不是废物吗？”
熊本藩的著名自然景观有菊池溪谷、球泉洞、草千里、黑川温泉、杖立温泉、赤水温泉等，其中的球泉洞包含第一本洞和第二本洞，全长约4800米，是九州最长、扶桑第三长的溶洞，洞内栖息着形态各异的洞穴生物
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