且军队的后勤也还掌握在国家手中，不怕有国家变乱的风险。各级谋士团的设立，反而使得有军事素养的文人可以大量进入军队担任官职，还给予了他们对将领的牵制权，这也使得士林们对此次的改革接受度较高。
在地方军制改革正在比较顺利进行的时候，理学大师朱熹再次上书，认为练兵修武、恢复中原都是胡说，反对现在所进行的军制变革，他觉得只要能够紧守疆界，修正德业、严明纪纲，就能使金人感到恐惧，不战而屈人之兵。
看到这份长达万余言的上书，皇太子赵惇本人是觉得既可笑又有些恼火，朱熹身为当今的理学宗师，在儒学中有很大的影响力。他这种只要自己立身明义，就可以决胜于朝廷之内、播远威于外国的思想，会让不少士林中人更加的死守所谓的"义理"，而不知变通，牵制朝廷的变革。
为了理清大家的想法，也是确定国家未来的方向，皇太子赵惇下旨，以朝廷的名义招朱熹、陈亮和各儒家学派的主要成员入朝，要求他们公开讲述自己的主张、互相辩论，以正理义、明事非。
陈亮在辛弃疾处接到朝廷旨意，知道此次是皇太子准备借解决儒家学术之争，来理清偏安一方的主和派和立志恢复的主战派的争执，定下朝廷将来举措的基础，便与同时被诏入京的辛弃疾一同启程。
其他被征召的儒家宗师和学者大都也对儒家现在的学术乱局不满，认为要保证国家的稳定，必须要有一个学术的核心，所以也纷纷应诏上路，赶往京师临安。
但朱熹却上书拒绝入朝，认为天理为规、无需辩驳，再次强调了自己的“正心诚意”之论。直指太子用心不正、急切过度，所用臣子都是“至庸走卒”，指责朝廷的备战是浪费资财，并要求天子赵昚重新理政。同时提出了六项“急务”：重新教育太子并为太子选妃，选任刚明公正者为臣，振纲纪、变风俗，养民力，修军政。
如此指斥主政的皇太子、批判大臣，比当初被认为是“狂妄”的陈亮上书还要过分。朝中官员们得知之后，纷纷上奏章谴责朱熹和理学“欺世盗名”，认为理学是伪学，要求朝廷明禁理学、以正士风。
这次，一向反感理学的皇太子却并没有立刻借机对理学采取行动，而是说服众臣，认为道理不辩不明，还是给朱熹一个说明自己理论的机会，这样才能真正的明事非、识真义。朱熹上书中唯一还得到一些臣子赞同的，只有尽快给皇太子选妃这一条，但又被皇太子给否定了，他以祖父丧礼也应按三年守制尽孝为由，再次推拒了选妃的建议
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