仍然设三省，即尚书省、中书省、门下省，长官分别是尚书令、中书令和御史令，由诸葛亮、6羽和庞统担任。尚书令掌管政令起革、官史的功绩考核以及外交和教育方面的事情。中书令则掌管政令的实施、国库的预算和结算、工商业和农业的展以及道路水利的兴修事宜，门下省掌管政令的审核、情报的搜集和筛选、军队的调动以及各郡县刑事案件的审案。如此繁重的工作自不可能光由三人来担任，除了一些办事的侍从，三省还各有个人副手，称为尚书左史、尚书右史，中书左史、中书右史，门下左史、门下右史。
经过仔细考虑，最後6羽和诸葛亮决定了”六史”的人选。”尚书左史”掌管官吏功绩考核，由简雍担任。管雍乃刘备同乡，自平原便随刘备一路南征北伐，平素少言寡语，但做事却一丝不苟，为人正直忠诚。由他掌管官吏的功绩考核，刘备自然安心；”尚书右史”掌管外交事宜。令刘备军众人大跌眼镜的是，6羽力排众议推荐了蜀中一无名小史邓芝，6羽可是知道邓芝辨才无碍，历史上蜀国之所以能劝回吴国这个同盟可都是他的功劳；”中书左史”负责府库钱粮和商业的展。这个最合适的人选自然是马良，历史上蜀国的经济可都是他一手搞上去的；”中书右史”负责国家的大工程和工、农业展。这个部门由诸葛亮掌管，最後诸葛亮推荐了陈群，虽然诸葛亮和陈群一直私交不错，6羽还是基本认可的，陈群的内政能力，在刘备军中绝对排在前五位，由他担任此职，自然无话可说；”门下左史”负责情报的搜集和筛选，以及军略的制定，庞统自然任命了陈登那个与他臭味相投的家伙，不过陈登那天生的情报分析才能然让别人无话可说，难怪这家伙历史上被曹操称为”五洲四海之士”，确实是有点本事的；”门下右史”负责刑事案件的审察和对官员的弹劾，王累生性刚直不阿，历史上刘备入蜀，王累拼死劝谏，最後血染城楼，後人有诗叹曰∶”倒挂城门捧谏章，拚将一死报刘璋。黄权折齿终降备，矢节何如王累刚！”刘璋列终投降刘备後，王累便辞官而去，还是刘备亲自骑马追出两百里才把他请回来，由他监督众人自是不敢放肆了。
中央的主要机构是三省，而六部则建在了州一级上。
6羽确实实施了他军政分离的思想，规定每一州的政事由州刺史掌管，军务则由镇军将军掌管，二者互不统属，在二人之下，就是六部，其中工部、户部、礼部归州刺史管辖，兵部、刑部归镇军将军管辖，至於吏部则直接受中央管辖，这样州刺史有钱没兵，镇军将军有兵没钱，而官吏任命、审
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