远古时代，黄帝姬轩辕为一统中原，挥师北上度过富春江，与蚩尤大战于涿鹿。此战役胶着多时难分胜负，二人各自请来多位神灵助阵，却也无法立即决出雌雄。
后蚩尤所邀风神雨神败在姬轩辕的女神旱魃手下，标志蚩尤失败。这一段是世人皆知的传说，记录于《山海经》等古籍，但还有一段重要内容却是鲜人知晓，至今仍被叹为千古之谜。
蚩尤被姬轩辕杀死后，残存的九黎族欲寻回其遗体而无果，派出勇士十名谋划刺杀姬轩辕，获其脑以探知蚩尤的下落。
实际姬轩辕为防蚩尤死而复生，势力卷土重来，同时又觊觎于他作为武战神的神力，已取其脑干与自己的大脑融合，并将其尸身焚化。
从思维上说，姬轩辕令自己与蚩尤合为一体，以求二人合一之下，他能获得强如宇宙的法力，天上人间从此再无敌手。
那蚩尤存于姬轩辕脑中，前世记忆尚存，不甘从此陨落，蠢蠢欲动欲寻机复仇，盼有一日重见天日。无奈他真身已死力如游丝，终日处于浑噩中，根本无力再做任何抗击。
某夜十勇士潜入姬轩辕府邸，欲行刺杀之举，却惊动守卫引起巨大干戈。
浑噩中的蚩尤忽听得族人声音，再细听下知道外面正在厮杀，这些人明显是为救自己而来，不禁大急。
对于姬轩辕来说，几个小小刺客本无须在意，却忽觉头脑剧痛难忍，痛到满地翻滚。他知道是蚩尤的脑干作祟，怎奈此时二人已合体，灭掉他就等于杀死自己。
为了平息剧痛，他下令留十刺客一命，让蚩尤暂时平静下来。此举虽然奏效，却非长久之计。无奈下，姬轩辕入梦与蚩尤相见，寻求和解。
蚩尤心怀深仇大恨，当然不会答应姬轩辕的请求。姬轩辕现在无论神力或地位都已举世无双，却唯怕蚩尤一人，因为当下也只有他，能真正取他性命了。
数次梦中会面的结果，是二人元神聚于富春江畔苍瑶山真龙岭再次斗法，决出胜负。这次再无军队或神仙相助，完全属于二人之间的角力。
若蚩尤胜，姬轩辕将他脑干释放还于族人重塑肉体。若姬轩辕胜，蚩尤则心悦诚服将脑干献给他，从此为他所用。
却说那姬轩辕好不容易赢得涿鹿大战获得今时地位，怎甘心因为错误留下蚩尤脑干，而失去一切胜利成果？决战前，他密会魔族焰王，借来能击碎元神的宝物破元弓，密谋趁蚩尤不防时，利用此弓击破其元神，让他彻底神魂俱灭，一劳永逸地除此心腹大患。
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