孙皇后直接对魏徵加以赏赐，并暗示自己会给予支持，可谓给魏徵注入了强心剂。也正是因为有长孙皇后这样的靠山，魏徵的正义直谏才会这般顺利。？不久魏徵晋升爵位为郡公。这就直接干预皇帝的家事了，若不是顾忌魏征的身后的实力，以及大唐还禁不起战乱，李世民岂能让一个外臣干涉自己女儿的婚事，可见这段是千古君臣关系是多重利益下才促成的，其中李世民的忍耐可想而知，也就注定了后来的爆发。
此后，李世民实行均田制与租庸调制，“去奢省费，轻徭薄赋”，使人民衣食有余，安居乐业。大力奖励学术，组织文士大修诸经正义和史籍；在长安设国子监，鼓励四方君长遣子弟到来留学。此外，又屡次对外用兵，经略四方，平东tu厥、定薛延陀、征高句丽、联姻吐蕃、和高昌，使唐之国威远播四方，大唐初年的内忧外患的局面彻底改变，在强大的力量面前，魏征所起到的作用也越来越有限了，这一点这从他对魏征任用的官职以及从贞观十年后就不再理会魏征就可以看出。他只是为了自己的皇权利益而不得不任用魏征，苦苦忍受魏征的进谏。以至于李世民多次忍无可忍，在不同的场合忿忿地说出“早晚有一天要将魏征杀头”、“我恨不得杀了这个乡巴佬”等话来，到最后干脆将魏征赶去修史了，对于许多的建议，也不曾理会。
贞观十六年，魏征染病卧床，李世民下令把为自己修建小殿的材料，全部为魏征营构大房屋。不久，魏征病逝家中，李世民亲临吊唁，痛哭失声，并说：“夫以铜为镜，可以正衣冠；以古为镜，可以知兴替；以人为镜，可以知得失。我常保此三镜，以防己过。今魏征殂逝，遂亡一镜矣。”
同年二月，李世民命阎立本画二十四功臣像置入凌烟阁，魏徵位列第三。
不久之后，侯君集以谋反罪被处死，杜正伦被罢免，魏徵曾经向李世民推荐这两人，说他们有宰相之才，魏徵又拿自己前后的谏辞给史官褚遂良，李世民知道开始怀疑魏徵是不是侯君集一党的。于是手诏取消衡山公主（后来被封为新城公主）与魏徵长子魏叔玉的婚约，此时李世民隐忍了多年的怒火，已经开始涌起，差的不过是一把导火线而已。
这根导火线很快就来了，他听闻魏征每次进谏，都把他的奏章抄录一份副本，送给由他亲口举荐的史官褚遂良留存。这下算是彻底点燃了李世民的怒火，玄武门之变李世民杀兄屠弟，逼父让位，这就像永乐皇帝夺了自己侄儿的皇位一样，无论建立了什么样的文治武功，心里总会隐藏着这份痛，所以永乐皇帝才被迫杀
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