马黑麻（帖木儿长子贾汗吉尔之子）为嗣君。帖木儿去世后，其后裔立即开始争夺王位的斗争。皮儿•；；马黑麻因远在阿富汗，撒马尔罕遂为帖木儿的另一孙子哈里勒所夺据自立为汗。原帖木儿王朝的所有领土，除西波斯以外，都由沙哈鲁统一起来。与此同时，土耳其人、贾拉尔人、土克曼人在西部开始恢复失地。结果，西波斯的帖木儿后裔不久被土克曼人的黑羊王朝所灭，其领土落入黑羊王朝（据有亚美尼亚和阿塞拜疆）和白羊王朝（据有迪亚巴克儿和阿塞拜疆）手中。沙哈鲁的控制区只限于河中、阿富汗和波斯东部。
沙哈鲁命其长子兀鲁伯驻撒马尔罕镇守河中，自己则仍以赫拉特为首都。沙哈鲁当政时，波斯、中亚同中国明朝之间，贡使往来不断，官私贸易十分活跃。但沙哈鲁死后，帝国发生内乱。在争位战争中，兀鲁伯被自己的儿子阿卜拉•；；拉迪卜所杀，而后者又被兀鲁伯的亲信杀死。河中地区的政权最后落到米兰沙之孙阿布•；；赛义德的手中。而呼罗珊地区则被帖木儿次子乌马儿•；；沙黑•；；米尔扎的后代苏丹•；；侯赛因•；；拜卡拉所占据。沙哈鲁的王朝遂一分为二。
1451年，阿布•；；赛义德•；；米尔扎，将大部分的帖木儿帝国旧地统一起来，击败了东部强敌察合台汗国，并且重新将帖木儿帝国的触角伸向了波斯地区。随后其与盟友黑羊王朝统治者贾汗•；；沙赫达成协议瓜分波斯。1466年黑羊王朝君主贾汗•；；沙赫入侵白羊王朝，被白羊王朝雄主乌宗•；；哈桑击败，应贾汗•；；沙赫的要求，阿布•；；赛义德。米尔扎也加入黑羊王朝一方参与战斗，最终贾汗•；；沙赫与阿布。赛义德。米尔扎相继被乌宗•；；哈桑击败，1469年阿布•；；赛义德•；；米尔扎被俘后为乌宗•；；哈桑处死。
阿布•；；赛义德•；；米尔扎死后帖木儿帝国分崩离析，呼罗珊帖木儿王朝为海塞因米尔扎所统治，其余的帝国分为艾哈迈德统治下的布哈拉，撒马尔罕，Hissar（三地在艾哈迈德死后分裂），乌马尔米尔扎统治下的费尔干纳，马赫穆德统治下的巴尔赫和米尔扎乌鲁哈统治下的喀布尔。1500年，术赤（成吉思汗的长子）的后裔昔班尼汗率领乌兹别克族游牧部落攻占布哈拉和撒马尔罕，建立
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