捕鱼儿海一战后，明朝的重点亦转向了对内部事务的处理，而北元也发生了内乱，黄金家族——忽必烈家族的大元政权丧失了在蒙古人中至高无上的中央汗国的地位，大多数蒙古部落宣布脱离它而独立。建文帝元年，乞儿吉斯部（分布在叶尼塞河上游沿岸）首领鬼力赤，否认残元皇帝额勒伯克的宗主权，于当年年打败并杀死了他，取得了统治各部的霸权。至此，苟延残喘了二十九年的残元政权灭亡了，蒙古不再使用年号，帝号，大元国号被废弃，北元时期结束。此后两年鬼力赤忙于稳定内部巩固自己的权势，无暇顾忌明朝。
朱元璋死后，刚刚登基的建文帝听从了黄子澄，方孝孺、齐泰等人建议，开始考怎样增强自己的权力而同时削弱诸封建王国的权力，并在黄子澄，方孝孺、齐泰三人的策划下，利用或有或无的罪名对那些较小较弱的藩王采取激烈的行动。周王朱橚、代王朱桂、湘王朱柏、齐王朱榑、以及岷王朱楩，一年之内在五个举足轻重的藩封被废之后，目标锁定朱棣。
朱棣与当年举兵反抗，发起了四年的靖难之役，而在这四年之中，蒙古也是内乱不断，先是鬼力赤杀死坤帖木儿，而后自立为汗 ，所以在整个“靖难之役”期间鞑靼内部忙于内讧政局不稳，因而没有趁机南下攻明。
靖难四年，朱棣与南京登基，此时的蒙古已经成为了“边患”，而不再是前一王朝残余势力。因此刚刚登上皇位的朱棣，对于鬼力赤表示了极大的友好，承认了他对于蒙古各部的宗主权。
但这个叛变的大汗地位并没有保持多久，很快被被阿苏特部阿鲁台和卫拉特部马哈木的联军打败。阿苏特部是蒙古化了的伊朗人，起源于高加索，因蒙古帝国西征而进入四川、蒙古高原，元朝时期，有几个军团全由他们组成。而卫拉特部是森林蒙古人中的一个强大的部落，在成吉思汗时代被称为“林木中百姓”，主要定居在贝加尔湖西岸。
阿鲁台和马哈木都不想成为蒙古帝国的大汗，他们最为希望的还是自己的部族独立于蒙古人之外而获得外部承认，因此，在打败鬼力赤后，便表示效忠明朝，证明自己不同于其他争夺蒙古帝国汗位的部族。这样的结果是朱棣最想要的，所以整个明朝给了他们极大的支持。依靠这种支持，卫拉特部将其势力范围扩张成从贝加尔湖西岸到额尔齐斯河上游的整个西蒙古地区。
然而，阿苏特部和卫拉特部对于蒙古中部和东部控制都没能长久，鬼力赤之子额色库重新崛起，要与阿鲁台和马哈木争夺大汗宝座，双方进行了十几年的战
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