随着叶尔羌城的投降，叶尔羌汗国至此宣告覆灭，其国内各城也先后向准噶尔军和夏军投降，只有少量白山派顽固势力还在负隅顽抗，但他们的势力非常弱小，并没能掀起太大的波澜。
武安十一年五月，当消息传至江宁城后，朝廷大为鼓舞，在经过内阁会议之后，朝廷正式宣布在原叶尔羌汗国的领土上（包括土鲁番、沙洲）设立安西布政使司，将叶尔羌城改名为莎车府，设为布政使司驻地。
安西布政使司地广人稀，人口主要集中在叶尔羌河流域及其西北部、土鲁番地区、于阗及沙洲一带，为了方便管理，布政使下辖各地分为多个府进行治理。
首先是以莎车为首府的莎车府，辖区包括叶尔羌河流域一带，北至养泥城儿，人口稠密，之所以将此地设为三司驻地，便是因为这里是叶尔羌汗国的首都，希望能够以三司坐镇府城，弹压叶尔羌的残余势力。
养泥城儿以北为疏勒府，府城原名哈实哈儿，为汉代疏勒古国所在地，为夏所控后改为疏勒古名，辖区为原叶尔羌汗国西北领土，人口较为稠密。
往西为阿速府，辖区为阿速城及周边各城阿速府辖区虽大，但地广人稀，人口主要集中在阿速府城及周边几座城池。
再往西分别为高昌府、哈密府与沙洲府，高昌府与哈密府便是将土鲁番地区一分为二，其西部地区归入高昌府，府城原名土鲁番，曾为高昌国所在地，因而改名为高昌府，而东部地区划入哈密卫所辖，哈密卫后升级为哈密府。
往南，越过辽阔无垠的塔克拉玛干沙漠，便是狭长的于阗州，于阗州同样地广人稀，人口主要集中在玉龙KS河与喀拉KS河两岸以及沙漠南部的小片绿洲周围，相互之间距离较远，交通不便，因而不设府而设由省直辖的州。
至此，安西布政使司共下辖六府一州，其受统治的民族主要以回部（某族古称）与蒙兀儿人为主，汉人几乎微乎其微，虽然朝中有部分官员认为没有必要大费周章耗费众多人力物力维持在西域的统治，但朝廷还是坚持从内地迁徙大量汉人百姓前往安西定居。
为了增强对西域的汉化，往西域行政移民的同时，也将在各城各镇建造学堂，教导各族百姓学习汉语汉字、四书五经及儒家思想，对本地的信仰教派例如白山派、黑山派等进行抑制与打击。
其中白山派因为曾经参与抵抗夏朝西征，被官府明令禁止并严厉打击，鼓励百姓之间相互检举仍然信仰白山派的人，一时间收效显著。
值得一提的是，在
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