大举攻剿肇庆府西部之罗旁瑶，次年春，凌云翼剿平罗旁瑶，共破564寨，俘斩、招降42800余人。
万历九年九月，两广总督刘尧诲剿灭惠州府龙川“贼”鲍时秀部，俘斩4000余人。
……
贼人剿之不尽，这边的贼人剿灭了，那边又有新的贼人出现，在明军眼中，人民军也是贼人。
官府、地主还有这贼人，是老百姓最厌恶的对象，居住在城池内的老百姓还好一些，起码远离贼人，但居住在城外的老百姓就无法避免了，即便是抢走老百姓的粮食，对老百姓们来说就是要了自己命一般。
在人民军之前，要是老百姓遇到好一点的官员，出现贼人后会被迅速派兵剿灭，遇到差一点的官员，只要贼人不做大不惹出大事，官员都不会去管，只是苦了老百姓。
可惜，即便贼人被剿灭了，在官府和地主的压迫下，贼人依旧会源源不断出现，当初受到贼人欺负的老百姓，也有一天成为贼人。
人民军想要将一个县彻底控制住，在攻占县城、剿灭城外地主庄园之后，还要将县内的贼寇全部剿灭，剿灭贼寇也会让人民军得到老百姓的拥戴。
实际上刚开始占领一县的时候，人民军并没有立即清剿贼寇，那些贼寇在发现县城被强大的“贼人”占领后，以为机会到了，立即出山劫掠村庄，还有贼寇竟然找到人民军想要加入。
在这种情况下，人民军才定下剿灭地主庄园后就开始清剿贼寇的步骤，并且在每个村庄招募新兵的时候，新兵会就地训练，并且村庄中没有参军的青壮也要跟着训练，平日里组成护村队，防备有贼寇来袭。
对于少部分从来没有欺负过老百姓的贼寇，人民军以劝降为主，这种贼寇多是因为官府和地主的欺压，才成为贼寇，往往只会对官府和地主大户下手，只不过这种贼寇多数实力较弱，大部分时候都是待在山里种田。
只要贼寇投降，又没有欺负过老百姓，人民军对他们的处理非常宽松，运行他们回到曾经的家园，给所有人分配农田， 开始新的生活。
那些欺负过老百姓的贼寇，就算主动加入人民军，人民军也会仔细审查，凡是做过恶的都要被处罚，严重者处死，轻者会送到矿山挖矿，或者进入先登营，没有做过恶的人，可以选择加入人民军，也可以选择回到老家种田。
在清剿贼寇的时候，人民军也有遇到明军的麻烦，贼寇的山寨在大山中，往往易守难攻，看到敌人来袭，会迅速逃往深山，很难清剿掉。
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