文官又逐渐取代勋贵，掌握了大明大部分实际具备战斗力的军事力量。
由于土木堡之变是大明“重文轻武”与文官势力崛起的起点，因此现代部分观点一提到土木堡之变时就有了阴谋论，认为勋贵集团是被文官集团“暗算”的。
其实哪有那么多阴谋，土木堡之变最多也就是灭掉了北方地区的一代老勋贵，北方的勋贵子弟和南方地区的勋贵可都活着呢！
哪怕由于土木堡之役的消耗，靖难系勋贵势力严重衰退，但在大明的南北二京之中，勋贵的力量仍然不容忽视。因为保卫南北二京的京营和锦衣卫，向来而且一直都在勋贵们的控制当中！
换句话说，皇帝本人一直都在勋贵集团的保护之下！崇祯“圣君”之所以可以轻而易举搞掉魏忠贤，归根结底的原因就是魏忠贤根本没有办法把京营和锦衣卫从勋贵手中夺走。想想看当时那位英国公，号称“九千岁”的魏忠贤见了人家，不也得客客气气甚至规规矩矩的吗？
所以事实就是，最晚到土木堡之变以后，明代的勋贵集团(最起码是北方的靖难系勋贵集团)，就已经像清代中后期的八旗子弟一样，根本不会打仗了。而以于谦为代表的文官集团用北京保卫战的军事胜利，证明他们比已经腐朽的明代世袭军事贵族更能打仗。
于谦之后，大明还先后出现了王守仁、谭纶、朱纨、熊廷弼、孙承宗、孙传庭、卢象升等大批文官出身的军事家。相比旧的世袭军事贵族，这批科举出身的军事文官显得更加上进，他们雇佣而来的营兵也更有战斗力，很快成长为明朝军事上的“中流砥柱”。
当然除了军事文官，武将集团内部也不是就一蹶不振了。明朝后期还有一批底层出身、在战争中上位的“新勋贵”，例如马芳、刘显、李成梁、吴襄、郑芝龙、左良玉、江北四镇等。这批人以万历末年为分界，界限之后的一批逐渐军阀化，大明朝廷逐渐管不了他们，更别指望他们会交税或协助收税，他们能向朝廷少要点军费就得烧高香了。
明代中后期，出身旧军事贵族的将领还有很多，比如现阶段朝中的主要武将如麻贵这般，都是至少数代从军(所谓数代也只是崛起时间，实际上可能祖上也是军户，只是地位不高)，不过如果要称得上军事家的，高务实认为到目前为止只有戚继光一人。
戚继光虽然是旧军事贵族出身，但他的崛起跟那些军事文官没区别——不靠卫所兵打仗，也不是以卫所兵精挑细选的“家丁”为骨干，而是完全“白手起家”，自己招募营兵建设新军。
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