朝招抚的忠义军首领张桂林随俄军驻通化，得到俄军军官袒护，放纵部下四处掳掠，激起民怨沸腾。
马龙潭决定除掉这一祸害，于是设计捕杀了张桂林。张桂林余部盘踞通化境内蜊蛄河负隅顽抗，图谋报复。
马龙潭冒险率先攀登悬崖，直插驻地，仿佛神兵天降一般，众贼个个心惊胆战，乖乖就擒，张桂林余部至此得到彻底清除。
然而由于清政府的腐败无能，这样一个大快人心的事情却被俄军当做借口，迫于压力，朝廷把马龙潭革职。
不久，清朝又重新起用马龙潭为奉天中路第2营马队统带（相当团长）。
1907年，按年龄为序，马龙潭、吴俊升、孙烈臣、张景惠、冯德麟、汤玉麟、张作霖、张作相8人结拜为盟兄弟。
1909年春马龙潭升任奉天右路巡防军帮统（相当于副旅长），驻军凤城。
1909年10月任统领（相当于旅长）。
1910年秋带兵镇压庄河农民抗捐斗争，清朝皇帝爱新觉罗·溥仪赐“骏声远绍”匾额及银瓶。
1911年夏，启凤书院（凤城一中）学生刘德峰和同盟会由奉天派来的2名青年鼓动推翻清朝统治，实现共和，遭到逮捕。
在押往巡防骑兵营（凤城市第六粮店后院）途中，大骂马龙潭是清朝看家狗，当即被马龙潭砍死于小石桥边（凤城市东方红仪表厂后面）。
忠贞爱国贯穿于马龙潭的一生。无论是抵抗俄国入侵，还是反对内战，他都是从国家、民族的利益出发，而将自己的荣辱得失置之度外。
他深感战乱给人民带来的痛苦，所以极力反对内战。面对关内烽烟四起、群雄逐鹿，塞外势力尔虞我诈、明争暗斗的局面，马龙潭忧心忡忡。
当时张作霖的个人野心日益膨胀，不但要做东北王，而且要称霸中国。
因之与各派势力的矛盾也日益加深，特别是与冯德麟的关系逐渐到了水火不相容的地步，两派势力各不相让，内战一触即发。
马龙潭多次居中调解斡旋，最后双方都做出了让步，避免了一场内战。
张作霖一直对马龙潭的才能心存疑忌，认为马龙潭论文论武都远高于己，所以处处防备、打压马龙潭。
1920年，张作霖解除了马龙潭陆军中将东边镇守使军职，将他调任洮昌道尹辽源交涉员并总办辽源商阜事宜。
马龙潭在洮昌任上减赋税、办学校，兴利除弊，深得百姓拥戴。
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